Создать куб mesh. Расположить в центр
Создать шар mesh. Вписать шар в куб.
Шар опустить ниже основания куба
На объектах не д/б ключей
Выделить куб, Ключ (Modifier Properties) вычесть шар. Boolean Difference.
Удалить верхнюю плоскоcть (face) куба. (режим EditMode)
Экспортировать в stl (при размере 20х20м в Blender - будет stl 20х20мм)